1856年9月4日夜，韦昌辉率三千亲兵进入天京后，对接应的陈承瑢说：“马上去东王府，里面的人一个都不留，全部杀掉。” 这场胜利让杨秀清的威望达到顶峰，也让他的野心失控。他公开要求洪秀全封自己为 “万岁”，与天王平起平坐，甚至暗示若不答应，便要以 “天父” 之名行事。 洪秀全假意应允，却暗中开始筹划反击。 为了削弱洪秀全的支持力量，杨秀清以 “西线战事吃紧” 为由，将韦昌辉调往江西战场，翼王石达开派往湖北，燕王秦日纲派往安徽，只留自己与洪秀全在天京。 杨秀清以为这样便能牢牢掌控局面，却没想到这一决策，恰好给了洪秀全调兵回京的机会。 陈承瑢得知洪秀全的心思后，主动献上密计，提议召韦昌辉、秦日纲回京诛杀杨秀清。洪秀全随即秘密下诏，命三人火速返京。 当时韦昌辉在江西与清军作战失利，正遭杨秀清斥责，接到密诏后，他当即挑选三千精锐，星夜兼程赶回天京；秦日纲也毫不犹豫，率部从安徽驰援。 在陈承瑢的接应下，韦昌辉、秦日纲的大军顺利入城，直奔东王府而去。 此时的东王府内，依旧灯火通明，杨秀清刚因击破江南大营的功绩设宴庆功，正与亲信饮酒作乐，丝毫未察觉死亡的阴影已悄然笼罩。 当韦昌辉的士兵将东王府团团围住时，府内侍卫才惊慌地敲响警钟。杨秀清从醉意中惊醒，听闻有军队攻城，起初以为是清军偷袭，急忙召集侍卫抵抗。可当他看到韦昌辉手持钢刀站在府门前时，才明白自己落入了圈套，脸色瞬间惨白。 杨秀清试图带着亲信从后门突围，却被韦昌辉的亲兵拦住。韦昌辉担心夜长梦多，在抓住杨秀清后，很快就下令将其杀死。 杨秀清死后，韦昌辉并未停手，他下令 “诛灭东王府满门”，无论是杨秀清的父母妻儿，还是府中仆役、侍卫，甚至是前来赴宴的亲信官员，都被赶尽杀绝，当场被杀者有数千人。 杀戮并未就此止步，之后韦昌辉以 “搜捕杨秀清余党” 为名，在天京城内展开大规模清洗。 韦昌辉派人四处张贴告示，宣称 “凡与杨秀清有旧交者，无论官职大小，一律严惩”。 一时间，天京城内人人自危：有人因曾与杨秀清说过话被指为 “东党”，有人为自保，故意诬陷同僚。 十几天后，翼王石达开从湖北战场赶回天京。刚踏入城门，他便被眼前的景象震惊。 见到韦昌辉后，石达开再也抑制不住愤怒，指责他 “滥杀无辜，动摇天国根基”，认为 “只需诛杀杨秀清一人，何必牵连如此多无辜性命”。 可韦昌辉早已被权力与仇恨冲昏头脑，不仅不听劝告，反而还准备再把石达开杀掉。 石达开察觉到韦昌辉的杀意，深知留在天京必死无疑。深夜，他趁着守军换岗的间隙，用绳索缒下城墙，侥幸逃出天京。 韦昌辉得知石达开逃脱后，怒火中烧，竟下令将石达开留在天京的家人全部杀害，包括石达开的妻子、年幼的儿女，以及王府内的侍从、幕僚，共计数十人。 远在安庆的石达开得知家人遇害的噩耗后，悲痛欲绝。他立刻召集麾下将士，发布檄文声讨韦昌辉。 檄文发布后，各地太平军将士纷纷响应，短短数日，石达开便集结了十万大军，兵锋直指天京。 韦昌辉见石达开率军来攻，索性破罐破摔，率领亲信部队攻打天王府，企图趁机夺取天王之位。 洪秀全才意识到韦昌辉的野心已远超自己的掌控，急忙召集亲信将士，宣布韦昌辉 “谋逆作乱”，号召众人共同讨逆。 天京城内的将士早已对韦昌辉的残暴不满，接到洪秀全的命令后，纷纷动手。韦昌辉的部队在众人的夹击下节节败退，最终被围困在北王府内。 不久后，北王府被攻破，韦昌辉被生擒。洪秀全下令将韦昌辉处以 “五马分尸” 之刑，并将其尸体示众，以平息众怒。 这位曾一心复仇的北王，最终落得个尸骨无存的下场。随后，在石达开的压力下，洪秀全又下令处死了参与事变的秦日纲与陈承瑢。 天京事变这场持续两个多月的内部动乱，给太平天国带来了毁灭性的打击。东王杨秀清、北王韦昌辉先后被杀，燕王秦日纲、佐天侯陈承瑢被处死，翼王石达开虽未被杀，却因与洪秀全产生隔阂，在事变后率领十万大军出走，从此脱离太平天国。 经此一事，太平天国的军事实力锐减，凝聚力大减，从鼎盛走向衰落。
