2025年7月1日全国铁路列车运行图大调整，小编还是习惯上12306看看穗莞深城际的班次是否会有惊喜，结果依然是失望而归，穗莞深城际7月1日之后也还是像之前一样每天开行23对列车，看来广铁已经是趟平式运营了。穗莞深城际目前之所以如鸡肋般存在，最大的原因就是线路的运营权迟迟未能按计划移交。 广东省收回穗莞深城际运营权并自主运营早已没有任何障碍，广铁集团也早已做好了交割的准备，但谁来接手，怎么接成了争议。由于穗莞深城际南延段深入深圳市区范围，深圳地铁自然想力争自主运营，但穗莞深城际是一条跨市城际铁路，运营权的归属需要与广州方面协商，结果就是深圳地铁与广州地铁长时间未能协商一致，导致穗莞深城际运营权的交割及分割一直没有具体的时间表，所以穗莞深城际目前只能由广铁躺平式运营。
