很快逃出生天的刘福通返回阜阳，面对韩山童的死他并没有悲观丧气，很快召集了失散的教徒，一举攻克阜阳。元末声势浩大的农民起义正式爆发。接着，红巾军击溃前来围剿的各路官军，并连下毫县、项城、罗山、正阳、确山、舞阳、叶县、潢川、息县，并打开大元位于固始的大粮仓赈济灾民，此时的红巾军已经发展到十万人。

参加暴动的人以教众、盗匪、破产的农民、手工业者和僧侣为主，以中国儒生为代表的上层精英集团并没有参与到这场暴动中来，反而对这场暴动嗤之以鼻。他们反而不如一般的劳苦大众具备民族的概念，他们具备的只是虚伪而停滞的教条主义，而且在明王朝建立后，他们对于这个由自己民族的人建立的朝代却不适应，反而怀念那个已经退居到漠北的帝国。由此可以看出，儒生集团所关心只是体系的利益，他们更喜欢的是一个能给他们提供舞台的和蔼王朝。所以，改变历史进程的从来都是劳苦大众，而不是上层精英分子。

在刘福通红巾军起义的影响下，淮河南北各路人马纷纷涌动，徐州的李二、蕲春的徐寿辉、巢湖的彭莹玉、邓县的王权、襄阳的孟海马、濠州的郭子兴、浙东已经多次起事的方国珍、还有同为浙东的张士诚。这些相继起事的各路人马相约头扎红巾，身穿红袄，其中方国珍、张士诚不属于白莲教体系。北方红巾军受刘福通的领导，南方的红巾军则受徐寿辉的领导。北方红巾军较为注重起义的正统性，所以一直以恢复故宋江山和宣扬弥勒诞生、明王转世为主。

面对突然发生的农民暴动，整个元帝国束手无策，因为此时的大元统治者不知道这些红巾军要干什么？是要夺江山呢？还是要解决临时性的温饱问题。从忽必烈开始，元帝国对于一系列事情就开始反应迟钝。如今的蒙古皇帝更是深居宫中，朝政被蒙古权臣所掌控。退化的军队战斗力、松散的政治架构、迟钝的军事体系导致叛乱越来越大，心烦意乱的元惠宗只好又把事情推给脱脱。治黄工程早已耗尽了帝国的资源，面对已经崩溃的中央财政，脱脱只好对叛军采取安抚的办法，所能提供的也就是职位。历史走到这里，反叛者对于职位已经缺乏兴趣。

在这种局面下，历史的轮回又将开始，那就是依靠地方民团镇压红巾军起义。河南沈丘的畏兀儿人察罕帖木儿和河南信阳罗山县汉人李思齐登上了历史舞台。几场战斗下来，刘福通的军队跟地主武装陷入僵持。而此时元军的进攻重点转向了南方，重点进攻徐寿辉、方国珍、张士诚三部，徐寿辉兵败退入沔阳湖。接下来，元军连屠杭州和徐州。此时，元廷似乎找到了感觉，他们看到了起义军会被绞杀的希望。接着，惠宗命脱脱率军二十万进攻高邮，一场关乎大元帝国命运的战斗就此拉开序幕。