根据英国政府的要求，1945年10月8日，马尼拉军事法庭首次公开审讯山下奉文。经过一个多月的审理，他被追究虐杀马尼拉居民的责任，判处死刑。山下回答：“我并不知情，但我不会说我没有责任。”并承认了责任。在法庭内他表现出绅士的态度，承认全部责任而毫不辩护，就连控方都留下高洁的印象，对山下表示同情。因此身为山下首席辩护律师的美国陆军法务上校Harry E. C1arke，Sr不服判决，往美国联邦最高法院上诉，要求中止执行死刑与发出人身保护令，但美国最高法院以7比2票数推翻上诉，并要执行绞刑。死刑在1946年2月23日在马尼拉以南30公里的洛斯巴尼奥斯监狱执行，山下奉文不被允许穿着军服，只能身穿囚服行刑，处刑台由日本战俘制造。 1946年2月23日清晨，山下奉文的行刑日到了。押解到刑场途中的车上，曾经是同袍的僧人森田觉中尉问他：“你有什么遗言？”山下奉文回答：“一个人的本性在上学校以前，是在他的母亲下培养出来的。我的遗言是，提高妇女的教养，培养好的母亲！请告诉祖国，我对祖国只有这个愿望。” 处刑记录记载：1946年2月23日上午3时2分至下午3时27分，日本战犯山下奉文被执行死刑，时年六十岁。 三个月后，山下奉文的死讯通知了他的妻子山下久子。 “原籍-东京都-谷区神泉叮番地，陆军大将-山下奉文--该人昭和21年2月23日在“吕宋岛、马尼拉”因系战犯被处死刑，特此通知。”
