到隋开皇元年（581年）恢复少林寺原名。少林寺更名不久，北周王朝即被杨坚的隋朝所取代。杨坚于开皇年中下诏将柏谷屯一百顷田赐给少林寺。随着寺院庄园的迅速发展，少林寺成了隋朝末年农民起义军攻击的目标。大业末年，天下大乱。在隋末战乱中，少林寺遭受兵火之灾，整个寺院被毁，仅有跋陀时建造的一塔独存。在隋末唐初的战乱时期，少林寺僧众为了保护寺院利益，审视社会上的斗争形势，毅然站在李唐政权一边，在唐初的统一战争中起到了积极的作用，并因此受到了唐王朝的嘉奖和支持。 唐武德二年（619年），王世充在洛称帝，号郑国，派其侄王仁则扼守柏谷庄，改为轘州。武德四年四月二十七日，少林寺上座善护、寺主志操、都维那惠玚等十三位僧人，在城内轘州司马赵孝宰等配合下，活捉王世充之侄王仁则，并将王仁则献于唐营，夺取了轘州城。武德四年（621年）四月三十日，秦王李世民派李安远持秦王教书，往少林寺宣慰。唐王朝对作战立功众僧也予以加封，如上座僧善护、寺主僧志操，都维那僧惠玚、大将军僧昙宗，同立功僧普惠、明嵩、灵宪、普胜、智守、道广、智兴、僧满、僧丰，计13人（唐武德四年《太宗文皇帝敕授少林寺柏谷庄立功僧》）。
