2013年4月，尹锡悦任水原地方检察厅骊州支厅支厅长，同时被任命为国家情报院舆论操纵案特别调查组组长，对以时任国情院长元世勋为首的国家情报院进行了扣押、搜查等积极调查。因动摇了朴槿惠政府的合法性，尹锡悦遭到检察系统高层以及时任法务部长黄教安的阻挠，以没有向上级报告国情院职员申请扣押搜查令和逮捕令的理由而被排除在调查组之外。同年10月21日，尹锡悦作为相关证人在国政监查会议上称国情院的调查受到来自时任法务部长官黄教安和首尔中央地方检察长曹永坤等人的外部压力。为此，尹锡悦受到停职1个月的处罚，被先后调任为大邱和大田高等检察厅的普通检察官。据他检察机关内的熟人透露，那时候很多人在路上遇到尹锡悦时视而不见。 2016年崔顺实干政事件爆发后，民众要求成立特案组调查干政事件的呼声高涨。同年12月，尹锡悦被朴英洙特别检察官任命为调查组长。尹锡悦负责的4组的调查领域是有关受贿罪的大企业调查，特案组的成败取决于能否公开朴槿惠-崔顺实-三星之间的联系。次年1月16日，尹锡悦以行贿等嫌疑对三星电子副董事长李在镕申请了拘捕令，在被首尔地方法院驳回后，进行了一个月的补充调查，于2月15日重新提出请求，最终成功拘留了李在镕。崔顺实特检的调查期限结束后，他还继续担任派遣检察官，负责审判。随着朴槿惠、崔顺实、李在镕陆续被拘捕，特案组成功完成了使命，尹锡悦还被亲切地叫做“国民检察官”。
