2003年2月，沙龙提任内塔尼亚胡为财政部长，但最初内塔尼亚胡拒绝出任新职，在沙龙同意他扩大财政部长在决定公司私有化问题方面的权力，并同意他在制定有关恢复以色列经济的政策上具有更大的独立性之后，内塔尼亚胡才接受这一职务。作为财政部长，内塔尼亚胡采取了新自由主义的经济政策，通过降税、缩减公共部门规模、打击垄断以及限制赤字等措施，推行自由市场改革，助力以色列经济从巴以冲突的低点中恢复，并蓬勃发展，失业率大幅下降。 2005年8月7日，内塔尼亚胡因反对沙龙政府即将实施的从加沙撤离的单边行动计划而递交辞呈。在内塔尼亚胡提交辞呈后，沙龙表示单边撤离计划将如期实施，他本人“不关心谁反对该计划”。[10]同月30日，内塔尼亚胡宣布将参加利库德集团主席和下一届以色列总理的竞选，公开向沙龙提出挑战。而在单边撤离计划完成后，内塔尼亚胡在党内的支持率高于沙龙。同年11月，由于利库德集团内部反对势力对其外交举措的掣肘，沙龙召开记者招待会，正式宣布退出执政的利库德集团，另外组建一个名叫“国家责任党”（后命名为“前进党”）的新政党。12月19日，在利库德集团举行的领导人选举中，内塔尼亚胡以47％的得票率击败其对手沙洛姆、费格林和凯茨，成功当选利库德集团主席。 2007年8月15日，内塔尼亚胡以高达73%的得票率击败“犹太人领袖”领导人摩西·费格林和“世界利库德”领导人丹尼·达农，再次当选以色列利库德集团主席。
