1937年10月，国民党上将刘峙在平汉线被日军打得大败，逃回开封，舆论一片喊杀。宋美龄建议蒋介石枪毙刘峙，以提振军心。 宋美龄劝老蒋杀刘峙，和“西安事变”中两人的恩怨有莫大关系。刘峙貌似忠厚老实，待人接物好打哈哈，在面对宋美龄时，总是一副毕恭毕敬的样子。 “西安事变”甫一发生，驻军河南的刘峙，一面向南京的军政部长何应钦去电“输诚”，一面派樊崧甫的46军抢占潼关。 力主武力解决事变的何应钦，在就任“讨伐军”总司令后，委任刘峙、顾祝同为东、西两路的讨伐军总司令。 宋子文、宋美龄兄妹去见顾祝同，让他不要执行何应钦的西进命令，顾祝同很痛快的答应了，表示在老蒋安全回来之前，一切唯宋氏兄妹马首是瞻。 宋氏兄妹乘飞机去西安时，途经洛阳加油时，宋美龄去见刘峙说：“请务必停止进攻西安，以保证委员长的安全。” 刘峙听后，一反之前对宋美龄的恭敬态度，强硬的说：“我执行的是南京的命令，部队已经开拨，军令无法违抗。” 宋美龄大怒，去西安见到老蒋时，将顾祝同、刘峙的不同表现如实告知。“西安事变”和平解决，张学良陪同老蒋飞去南京时，当晚停靠在洛阳住宿，老蒋下飞机时，把前来迎接的刘峙臭骂一番。 老蒋回到南京后，委任顾祝同为西安行营主任，处理事变的善后。本来，刘峙在“五虎将”中的地位，长期处于首位，但此后在老蒋的扶持下，顾祝同、陈诚等人的地位都超过了刘峙。“押错宝”的刘峙，闹了一个灰头灰脸。 全面抗战爆发后，刘峙被任命为第二集团军总司令，负责河北战事。刘峙在应对日军进攻时，拒绝了副总司令孙连仲、52军军长关麟征主动出击的建议，以保守战术一味防守，结果在平汉路被日军打得大败。 刘峙从保定一口气逃到了石家庄，第二集团军也宣告瓦解。宋美龄建议老蒋严惩刘峙，以提振军心。老蒋对刘峙尽管不满，但毕竟是追随多年的亲信，只是去电斥责一番后了事。 鉴于刘峙难堪大用，老蒋另委他为第一战区副长官兼新兵督练公署主任。10月，以原西北军为主力的第二集团军重建，由孙连仲任总司令。 第一战区位于对日作战一线，刘峙胆战心惊，在多次向何应钦求助后，由何应钦向老蒋进言，将他调去后方，担任鄂湘川黔边区绥靖公署主任。 武汉沦陷后，刘峙的驻地宜昌又成了前线，加之第六战区长官陈诚和刘峙不和，无奈之下，刘峙又走了何应钦的关系，被调去重庆担任卫戍司令。 刘峙认为自己好歹是陆军二级上将，不满“卫戍司令”的头衔，向何应钦请求在前面加个“总”字，哭笑不得的何应钦，满足了刘峙的请求，将其职务变为“重庆卫戍总司令”。 刘峙到任后，老蒋召见他，交给他一个额外的任务，暗中监视川军将领的动向，有异动及时汇报。 刘峙领命后，或亲自出面，或委托卫戍司令部的副职，以换帖的形式，和不少川军将领结为拜巴子兄弟，并主动举荐让川军将领担任重庆警备司令。 老蒋见刘峙和川军将领关系处的不错，便又让他兼任重庆防空司令。1941年6月，日军空袭重庆时，因管理防空隧道的人员，不许隧道内的民众在空袭期间离开隧道，引发了轰动一时的“隧道惨案”，死者以数千计。 惨案发生后，刘峙成为过街老鼠，喊杀声一片。老蒋大张旗鼓的下令调查，以亲信吴铁城为审判长。 据吴铁城回忆，还不等他想好如何处理刘峙，就先后接到何应钦、钱大钧等大员的求情，大意是刘峙是二级上将，不要乱来云云。 最终，以撤去刘峙防空司令，由宪兵司令贺国光兼任而草草了事。 1945年2月，老蒋为了削夺桂系李宗仁的兵权，将其明升暗降为汉中行营主任，所遗的第五战区长官由刘峙接任。 老蒋也清楚刘峙的指挥能力难以驾驭一个战区，为此让有“标准参谋长”之称郭寄峤担任第五战区参谋长，曾在第九战区给薛岳当参谋长的赵子立为参谋处长。 让老蒋大跌眼镜的是，刘峙到任不到两个月，就把第五战区长官部所在地老河口给丢失了。 抗战胜利后，刘峙这个常败将军，被老蒋委任为郑州绥靖公署主任，指挥部队进犯解放区。刘峙这个主任的位置，坐了不过一年，就因屡战屡败被暴怒的老蒋给撤职了。刘峙带着三姨太黄佩芬，跑去上海当了寓公。 1948春，何应钦结束在美国的军事考察，返回国内，刘峙见靠山回来了，兴冲冲的跑到南京，时常去何应钦的公馆走动。 老蒋在李宗仁成为副总统后，为了打压桂系，将“国防部长”白崇禧打发去华中任“剿总”总司令，并主动修复和何应钦的关系，委任他为“国防部长”。 此时，陈诚因替老蒋承担战败责任，被迫辞去本兼职务，“参谋总长”由顾祝同接任。顾祝同不似陈诚那样跋扈专权，有事常和何应钦商量，何应钦这个“国防部长”的权力，倒是比白崇禧在时，大了许多。 徐州“剿总”成立后，在何应钦、顾祝同的极力推荐下，老蒋重新起用刘峙，委任他为总司令。对比东北的卫立煌、华北的傅作义、华中的白崇禧，刘峙这个任命实属草率。 淮海战役中，徐州蒋军惨败，主力损失殆尽。刘峙逃到南京挨了老蒋一顿骂后，再未获得重用。
