球虫病一般具有自我限定性，并且对于大多数幼猫幼犬，其临床症状不需要治疗即可痊愈。但是，治疗可以加快疾病的痊愈，减少环境的污染并降低感染其他有接触过的动物的可能性。
在美国唯一获得批准的治疗球虫的方式是使用磺胺二甲氧嘧啶(sulfadimathoxine).也可以使用其他有疗效的用药方案，包括甲氧苄氨嘧啶-磺胺嘧啶《trimethoprim-sulfa》(30-60mg/kg 每天，使用 6 天 动物＞4kg；或 15-30mg/kg 每天，使用 6 天 动物＜4kg)不同的方案中有单独使用氨丙啉(amprolium)的，也有结合磺胺二甲氧嘧啶一起使用的。氨丙啉会由于 VB 的缺乏诱导导致贫血，腹泻，精神下降和中枢神经系统疾病。 使用帕托珠利（ponazuril）和托曲珠利（toltrazuril）治疗小动物球虫病是近期被研究出来的结果。这些药物是抗球虫的，因此比其他治疗药物更高级。马药帕托珠利在美国已被多次使用。其用药（未经临床试验验证过）为 20mg/kg PO bid 相隔 1-7 天，或 50mg/kg PO qd。虽然它的功效尚不明确，但是许多化学药厂都能根据处方适当地制定这个药物。在欧洲，妥曲珠利是与一种驱虫药（anthelmintic emodepside）合用来治疗球虫和蛔虫感染的大于 2 周龄的幼犬，建议单独用药 9mg/kg。使用益生元（可促进益生菌生长活动的食物原料）或益生菌和饮食控制可加快腹泻的痊愈，但是缺乏管理数据。大部分球虫感染的幼猫幼犬能在感染中活下来，因此预后效果一般为好至极好。
