消化系统疾病的高患病率主要来源于慢性肝病的高患病率。肝硬化和其他慢性肝病是消化系统疾病中患病率最高的病种，也是致死和致残的第二大病因。
从1990年到2019年，结直肠癌的致死率和致残率有所下降，这可能得益于结直肠癌筛查计划的实施和对该疾病认识的提高。然而，结直肠癌仍是消化系统疾病中致死和致残的第三大病因，尤其在发达国家和地区，结直肠癌是消化系统疾病致死的首要原因。随着社会人口指数水平较低国家和地区的不断发展和越来越西方化的生活方式，预计全球结直肠癌的负担将会继续上升。
几乎所有消化系统疾病的致死率和伤残调整生命年都出现了下降，但也有少数例外，其中以胰腺癌最为明显。这凸显了该疾病在预防、筛查、早期诊断和治疗方面所面临的巨大挑战。
