南京在魏晋南北朝时期是东吴、东晋、刘宋、萧齐、萧梁、陈朝等六个朝代的首都，所以在隋唐时有了六朝古都的美誉。

一，东吴

建安十六年（211年），割据江东的东汉车骑将军、徐州牧孙权将治所迁至秣陵，为南京作为六朝古都之始。随后孙权改秣陵为建业，并在金陵邑的基础上修筑石头城，使得南京成为汉末分裂时代的南方中心。

黄初三年（222年），曹魏吴王孙权因魏文帝曹丕伐吴而宣布脱离曹魏自立，使得南京正式成为孙吴都城。黄龙元年（229年），孙权在建业登基为帝，南京由此成为帝都。此后直到天纪四年（280年）孙吴为晋朝所灭，南京一直是魏蜀吴三足鼎立时代的南方中心。

二，东晋

太康三年（282年），西晋改建业为建邺。永嘉元年（307年），平东将军司马睿为避八王之乱而徙镇建邺。而建兴元年(313年)时为避晋愍帝司马邺之讳，建邺又改为建康。

建武元年（317年），司马睿在建康先后称晋王及皇帝，东晋由此建立。不过由于东晋皇权衰弱，所以大权经常由士族把控，而士族之间互相制衡，使得东晋在六朝中存在时间最长，为唯一定都南京超过百年的皇朝。

建元十九年（383年），前秦皇帝苻坚发动淝水之战，企图一战灭晋而统一天下，但却以惨败告终。这本是东晋北伐一统天下的最好时机，却因为士族内斗而止步黄河。

三，南朝

元熙二年（420年），东晋权臣刘裕代晋建宋，南朝开始。不过刘宋未能吸取西晋灭亡的教训，重用宗室而导致宗室内讧，使得其最后为萧齐取代。

刘宋是南朝中实力最强的朝代，但因为北魏统一北方而无隙可乘，加之自身内斗激烈导致未能统一北方。

昇明三年（479年），刘宋权臣萧道成效仿刘裕代宋建齐。不过萧齐依旧未能避免宗室篡位与内讧的传统，使得其成为南朝中最为短命的皇朝。

中兴二年（502年），萧齐远支宗室萧衍篡位称帝，虽然他与萧齐皇室都出身兰陵萧氏，为汉相萧何后裔，不过两支之间血脉疏远，所以萧衍没有沿用“齐”的朝号而选择“梁”为朝号。

太清二年（548年），萧梁爆发侯景之乱，大将陈霸先趁着消灭侯景之际而掌握大权，得以在太平二年（557年）代梁建陈。由于南方经济在侯景之乱时遭到严重破坏，所以陈朝是六朝里实力最弱的朝代，无力阻挡北方的进攻而最终为隋朝所灭。