西南政法大学拒绝与重庆大学合并，主要源于对学科特色、办学自主权及发展路径的坚守。
首先，西南政法大学被誉为法学界的“黄埔军校”，是“五院四系”成员之一，在法学领域具有深厚底蕴和卓越声誉。其法学学科在教育部评估中稳居全国前列，校友遍布公检法系统及律师行业。若并入重庆大学，西政的法学优势可能被综合性大学的评价体系稀释，导致学科特色弱化，实践型法学人才培养传统受到冲击。
其次，合并可能削弱西政的办学自主权。1999年高校合并潮中，西政师生发起“护校运动”，通过校内罢课、集会、公开游行等形式反对合并，法学界知名学者联名上书教育部，校友网络也通过舆论支持扩大影响。这种强烈的抗争意识，体现了西政对独立办学地位的珍视，以及对行政主导合并政策可能带来的制度性困境的警惕。
此外，西政对合并后的资源分配存在顾虑。当时重庆大学在名气、录取分数线等方面并不占优，西政师生担心合并后成为“重庆大学法学院”，导致资源投入不足、发展受限。历史经验也印证了这种担忧——合并失败后，西政虽转为重庆市属院校，经费支持减少，但通过坚持特色办学，仍保持了法学学科的领先地位，并在“双一流”建设中探索出“法学+”交叉学科发展路径。
西政的选择虽使其错失“985”“211”标签，但保留了完整的法学教育体系，并凭借学科实力在就业市场保持竞争力。
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