在1941年6月22日，德军开始进攻之前，苏联波罗的海舰队已经有所察觉，把他们库存的军火销毁了，在苏联海军巡逻队警戒不到的地方，纳粹正偷偷的向波罗的海前进，在宣战前的几天里，德国海军开始在芬兰湾布雷，在苏军波罗的海舰队的往来通道上布雷，那天早晨，德军发动进攻，飞机成群结队蜂拥而至，俯冲轰炸机和地面攻击机沿着波罗的海的海岸深入芬兰湾，对沿海的设施狂轰滥炸，所有地面设施几乎全部被夷为平地，但是波罗的海舰队不像其他苏联军队，他们以有所警觉，海军人民委员尼古拉库斯涅佐夫海军上将早已经让舰队进入准备状态，那天早晨3:15他已经在电话上下命令了，塞瓦斯托波尔的黑海舰队和波罗的海舰队遭到攻击，尼古拉库斯涅佐夫发出了明确的命令，用武力粉碎敌人的任何进攻。企图巴巴罗萨计划试图从陆上攻占苏联在波罗的海的海军基地，德国北方集团军群沿着通向塔林和列宁格勒的海岸线前进。

在离苏联边境110公里的地方有一座因菩提树而闻名的城镇利耶帕亚利，耶帕亚守军和敌人血战了7天全部英勇牺牲，在蓝天白云之下英雄的尸骨静静地缠绵在这他们曾经浴血奋战的地方。

8月8日，塔林被围，并且遭到重炮的猛烈轰击，一天之内德军就向这个岗发射了600多发炮弹，卡林又坚守了6天，8月28日 莫斯科发来命令，把舰队撤往列宁格勒。德军步兵的先头部队已经进入了市区的街道，记录塔林战役的影片非常少，因为几乎所有随舰队进行拍摄的苏联摄影师全部牺牲，200艘舰船分四批撤退，其中70艘几乎没有任何空中保护。纳粹立即出动轰炸机在北面和东面进行轰炸，这里离目的地320公里，其中有240公里会遭到德国海岸炮火的轰击，有120公里布满了成千上万颗水雷，要把布雷区的水雷清扫干净需要100艘扫雷艇，而塔林舰队只有10艘，运输船共载有23,000人，其中 17,000人在运输船沉没的时候掉进了大海12,000人获救，苏联船只一接着一艘相继沉没，但是150艘船只最终到达目的地列宁格勒，他们受到了海军上将库斯涅佐夫和列宁格勒共产党领导人安德烈日丹诺夫的欢迎，重新聚集起来的波罗的海舰队现在停泊在喀朗施塔德列宁格勒港口，和涅瓦河上，在喀朗施塔德集结了两艘主力舰两艘巡洋舰，13艘驱逐舰和400多艘较小的舰船，并且在海岸上布置了总数达400门的防御大炮用来保卫列宁格勒到。

1941年年底舰队派遣了85,000名水兵执行海岸警戒任务，最强大的海军力量在喀朗施塔德的航线上，10月4日 列宁格勒被围困的水泄不通，德国海军却不能进入芬兰湾和通向列宁格勒的海域，因为那里有苏联海军舰艇海岸防御大炮，波罗的海舰队的69艘潜水艇但是对于德国空军的侵袭却无法防御，冬天来临，波罗的海的形势变得相当严峻，这是人们记忆中最糟糕的冬天。

1942年春天，希特勒在巴伐利亚别墅召集德国海军指挥官海军上将埃里希伦德尔和海军上将卡尔邓尼兹，都是总体战的设计师，这次会议决定对波罗的海舰队的停泊地点重新发起攻击，结果同以前一样，波罗的海舰队在付出了一定代价之后仍旧生存了下来，波罗的海舰队拥有69艘潜艇统归舰队副司令弗拉基米尔特里布茨指挥，虽然通向公海的水域布满了水雷，但是潜艇仍然可以在波罗的海出没，这是在冰水下进行的看不见的战争，潜艇袭击的目标是把矿沙从挪威和瑞典运送给德国战争机器的货船运兵船，和任何敢于冒险出港的德国战舰。